Na het grote succes van de eerste twee bioscoopfilms, is Paddington terug voor een nieuw avontuur. In deze film reist ‘s werelds meest geliefde beer terug naar zijn geboorteland Peru om zijn tante Lucy te bezoeken. Daar belandt hij al snel in een onverwacht spannend en mysterieus avontuur.

Paddington ontvangt een brief dat zijn tante Lucy – die in een tehuis voor bejaarde beren in Peru woont – hem heel erg mist. Hij besluit haar zo snel mogelijk te bezoeken en samen met de familie Brown vertrekt hij op een epische reis die geen van hen snel zal vergeten. In Peru ontmoeten ze nieuwe vrienden, zoals de gitaar spelende Moeder Overste die het tehuis runt en de onstuimige rivierbootkapitein Hunter. Wanneer ze met die laatste op pad gaan, brengt dit Paddington en de Browns tot diep in het Amazone regenwoud en naar de toppen van het Andesgebergte. Onderweg komen ze onverwachte uitdagingen tegen en ontdekt Paddington verrassende geheimen over zijn verleden.